重金属等は比重が5.0以上、あるいは4.0以上の金属のことで、自然界に存在するものです。
カドミウム、水銀、砒素などが当てはまり、それぞれ腎臓など内臓器官への影響や知覚障害、言語障害、先天性疾患といった障害を引き起こします。
しかし、重金属等はそもそも自然界に存在するものであり、人の体内にも微量に存在します。その存在が必ずしも「悪」というわけではありません。
自然由来の汚染とは、自然の岩石や堆積物中に砒素、鉛、フッ素、ほう素、水銀、カドミウム、セレン又は六価クロムおよびそれらの化合物による環境汚染のことで事業活動に起因する人為由来の汚染と区別されます。
これらの物質（重金属等）は、自然界（山や海）に存在し、人の体内にも微量に存在する物質です。そのため、自然由来の汚染は、土壌汚染対策法の対象外とされていました。
しかし、健康被害防止の観点から、自然的原因により有害物質が含まれる土壌とそれ以外の汚染土壌とを区別する理由がないため、2010年4月に土壌汚染対策法が改正され、自然由来の土壌汚染も法の対象になりました。
形質変更時要届出区域のうち自然的条件からみて基準に適合しない土地は、自然由来特例区域となります。場合によっては、汚染物質の拡散防止対策が必要となります。
※自然由来特例区域・・・第二種特定有害物質（シアン化合物を除く）による汚染状態が
専ら自然的条件からみて土壌溶出量基準又は土壌含有量基準に適合しない土地
人為的な汚染と自然由来か否かの判断として、以下のものがあげられます。
土地の履歴、周辺の同様な事例、周辺の地質的な状況、海域との関係等の状況を総合的に勘案することに加え
・土壌溶出量が土壌溶出量基準の10倍を超えないこと
・土壌含有量が概ね下の表に示す濃度の範囲内にあること
を考慮したうえで判断されます。
